كان وما زال الاحتال الاسرائيلي احد اهم التحديات التي تعيق عمل المؤسسات الحكومية وغير الحكومية الفلسطينية ، حيث يفرض العديد من القيود على الارض والتي تحول دون حريةالعمل والتنقل .
سلطة الاراضي كغيرها من المؤسسات الحكومية تواجه العديد من القيود والعراقيل اثناء تنفيذها مهامها على الارض وخاصة في المناطق المسماة ج والتي تخضع اداريا للاحتال في مخالفة واضحة وصريحة للاتفاقيات الدولية . حيث تعيق هذه القيود عمل الموظفين في مسح الارض، وتخمينها وتسجيلها وبالاخص فيما يتعلق بتسجيل وحماية املاك الدولة التي يقع جزء كبير منها في المنطقة ج. وكذلك يشكل الاحتلال عائق امام سلطة الاراضي في ضبط عمليات تسريب الاراضي وبيعها للاحتال في تلك المناطق وذلك لسهولة نقل الملكيات في مكاتب الادارة المدنية .
وجود عدد كبير من الفلسطينيين لا يحملون الجنسية الفلسطينية وغير القادرين على الوصول الى ارض الوطن بسبب اللجوء في الشتات.
عدم وجود رقم وطني او تعريفي في قواعد البيانات لجميع ماك الاراضي من الفلسطينيين الذين يحملون الجنسية الفلسطينية والذين لا يحملون الجنسية الفلسطينية.
التحديات المالية والإدارية
أدت الازمة المالية الى عدم ايجاد مبنى مستقل وملائم لأعمال سلطة الاراضي يلبي احتياجاتها الحالية والمستقبلية.
عدم تلبية الهيكل التنظيمي للتطورات المؤسسية والتوجهات الاستراتيجية.
نقص الكوادر البشرية المتخصصة لتتناسب مع عبئ ومتطلبات العمل.
ثالثا: التحديات التشريعية
عدم مواءمة التشريعات القانونية للتحول الرقمي وقانونية السجلات القانونية.
